Je suis pas très calé en carences mais dans d'autres cultures, des taches sombres sur le feuillage ancien peuvent être dues à une carence en Phosphore (P).
Sur agrumes je sais pas.
Mais là, vu l'historique de ton arbre, je dirais plutôt que c'est une conséquence de ta pourriture racine/collet et donc globalement trop d'eau.
Il serait prudent d'attendre l'avis de Doc.